فرایند ثبت معاملات مالیات بر ارزش افزوده در سامانه مودیان

الف - صورتحساب الکترونیکی، توسط فروشنده از طریق سامانه مودیان صادر می شود. در مورد مودیانی که مستقیما با مصرف کننده نهائی ارتباط دارند، عملیات ثبت فروش و صدور صورتحساب الکترونیکی، توسط پایانه فروشگاهی انجام می شود.
ب - در صورتی که خریدار، مصرف کننده نهائی نبوده و خود عضو سامانه مودیان باشد، صورتحساب الکترونیکی صادرشده توسط فروشنده، به صورت خودکار به کارپوشه وی در سامانه مودیان منتقل می شود و به عنوان اعتبار مالیاتی برای او منظور می شود.
پ - در پایان هر دوره سه ماهه، بدهی مالیات بر ارزش افزوده مودی که عبارت است از مابه التفاوت مالیات فروش و مالیات خرید (اعتبار مالیاتی) وی در طول دوره، طبق مقررات توسط سامانه محاسبه می شود. در صورتی که مالیات فروش مودی بیشتر از مالیات خرید (اعتبار مالیاتی) وی باشد، مودی موظف است مابه التفاوت را به ترتیبی که سازمان مقرر می کند، به حساب سازمان واریز کند. متقابلا در صورتی که مالیات فروش مودی کمتر از مالیات خرید (اعتبار مالیاتی) وی باشد، سازمان موظف است با رعایت ترتیبات قانونی مربوطه مابه التفاوت را به مودی مسترد کند.
ت - به منظور تکمیل اطلاعات سازمان در خصوص مودیانی که عضو سامانه مودیان نبوده یا بدون صدور صورتحساب الکترونیکی اقدام به فروش می کنند، سامانه مودیان باید به گونه ای طراحی شود که مودی بتواند خریدهای خود را که فروشنده برای آنها صورتحساب الکترونیکی صادر نکرده است، به سازمان اطلاع دهد.