سامانه در بسیاری از مواقع کار نمی‌کند و زمانی که فشار روی سایت امور مالیاتی بالا باشد، سامانه برای مدتی کاملا از دسترس خارج می‌شود. این مشکلات باعث می‌شوند که ما در ارتباط با مشتریانمان نیز با مشکل مواجه شویم. زیرا مشتری از ما خرید می‌کند و ما به دلیل اختلال در سامانه، نمی‌توانیم فاکتور صادر کنیم. یعنی مشکلات این سامانه، فقط به مالیات محدود نمی‌شود و در کسب‌وکار و مشتری‌مداری نیز مشکل ایجاد می‌کند. قانون پایانه‌های فروشگاهی و سامانه مودیان طرح خوبی است و شاید تنها راهی باشد که بتوان تا ۹۹ درصد از فرار مالیاتی جلوگیری کرد. با این وجود، زیرساخت فنی و نیروی انسانی لازم برای اجرای آن فراهم نشده است. همچنین آزمایش‌های درستی روی این طرح انجام نشده تا مشکلات آن مشخص شوند.